Taekwondo Madrasah Tsanawiyah Negeri 29 Jakarta Timur dapat dipilih oleh peserta didik mulai dari kelas 7, 8, 9 sebagai kegiatan diluar mata pelajaran yaitu ekstrakulikuler.
Ekstrakulikuler Taekwondo Madrasah Tsanawiyah Negeri 29 Jakarta Timur diadakan dengan tujuan untuk melatih kemampuan siswa dalam hal motorik dan menambah keahlian dalam olahraga bela diri dengan pemberian materi secara praktek dan teori. Selain itu, ekstrakulikuler ini memiliki tujuan untuk menjaga kebugaran tubuh siswa, melatih mentalitas, dan kedisiplinan.