Ekstrakurikuler di MTs Negeri 29 Jakarta Timur adalah kegiatan yang dilakukan di luar jam pelajaran utama yang bertujuan untuk mengembangkan berbagai potensi siswa dalam berbagai bidang, baik yang berkaitan dengan keterampilan, seni, olahraga, maupun kegiatan keagamaan. Peserta didik MTs Negeri 29 Jakarta timur menjadi pribadi yang lebih percaya diri, bertanggung jawab, kreatif, dan siap menghadapi tantangan di masa depan. Kegiatan ini diselenggarakan untuk melengkapi pendidikan formal yang diterima siswa di kelas, serta memberikan wadah bagi mereka untuk mengasah minat, bakat, dan keterampilan di luar kurikulum yang telah ditentukan.
Kegiatan ekstrakurikuler di MTs Negeri 29 Jakarta Timur dirancang untuk mendukung pengembangan karakter dan kepribadian siswa melalui berbagai kegiatan yang bervariasi, mulai dari klub olahraga, seni, kegiatan sosial, hingga kegiatan keagamaan yang berbasis nilai-nilai Islami.
